Родился 6 октября 1952 году в Москве. Дед Гусинского был расстрелян в 1937 году, бабушка тогда же была арестована и отсидела 9 лет.
С 1969 по 1973 год учился в Московском институте нефтехимической и газовой промышленности им. И.М.Губкина. В 1981 году окончил режиссерский факультет ГИТИСа.
В 1973-1975 годах - служил в армии.
После окончания ГИТИСа работал театральным режиссером в провинции, в начале 80-х перебрался в Москву. Заведовал художественно-постановочной частью Международного фестиваля молодежи и студентов в Москве, был главным режиссером культурной программы для иностранных участников московских Игр доброй воли и др.
В 1986 году создал кооператив "Металл", в 1988 году - консультационно-информационный кооператив "Инфэкс".
В 1989 году "Инфэкс" выступил в качестве одного из учредителей совместного предприятия "Мост", в 1990 году Гусинский выкупил долю американского партнера.
В октябре 1989 году Гусинский с партнерами создал "Мост-банк" и стал его президентом, в 1992 году - холдинг АО "Группа "Мост". В 1993 году группа "Мост" стала соучредителем газеты "Сегодня" и телекомпании НТВ.
В 1996 году входил в группу банкиров, активно поддерживавших Ельцина во время президентской избирательной кампании.
В январе 1997 года стал президентом (с сентября 1998 года - председателем Совета директоров) ЗАО "Медиа-МОСТ", в который вошли газеты "Сегодня" и "Семь дней", журнал "Итоги", НТВ и радиостанция "Эхо Москвы".
Один из основателей Российского еврейского конгресса (РЕК), в январе 1996 году был избран его президентом. В марте 2001 уступил этот пост Леониду Невзлину, оставшись почетным президентом РЕК.
13 июня 2000 года был арестован по подозрению в мошенничестве, 16 июня выпущен. 20 июля 2000 года подписал соглашение с "Газпром-Медиа" о передаче за долги в сумму $300 млн. всех СМИ, входящих в холдинг "Медиа-Мост". 26 июля 2000 уголовное дело в отношении Гусинского было прекращено в связи с отсутствием состава преступления, а с имущества снят арест.
18 сентября 2000 года Гусинский заявил, что соглашение с "Газпромом" от 20 июля 2000 было подписано под давлением со стороны правоохранительных органов, а потому юридической силы не имеет.
Весной 2001 года и летом 2003 года арестовывался по запросам Генеральной прокуратуры России в Испании и в Греции. Судебные органы обоих стран отказали российским властям в экстрадиции Гусинского.
В 2003 году контролировал международную спутниковую телекомпанию RTV International (RTVI), телекомпанию "Эхо-ТВ", издательский дом "Остров", интернет-сайт Newscom.ru.
Был партнером Ельцина по теннису.
Женат вторым браком, трое сыновей.